Исследование микробиоты кишечника: бизнес или наука?

Современные исследования говорят нам о том, что микробиом кишечника является «Розеттским камнем» в здоровье человека, и, вероятно, играет значимую роль в развитии болезней, кажущихся несвязанными – таких, как аутизм и колоректальный рак наряду с десятками других состояний. Общепринятое убеждение среди изучающих микробиоту состоит в том, что раскрытие тайн этой стотриллионной микробной среды поможет обнаружить жизненно новые важные способы лечения.

С таким ярким будущем неизбежно то, что исследование микробиома быстро перепрыгивает из лаборатории в тележку для покупок. Этот момент уже наступил и многие компании предлагают наборы для тестирования микробиома на дому, обещая предоставить нам «моментальную фотографию» микромира наших кишечников и всю его прогностическую силу. Вопрос в том, развита ли в настоящее время наука настолько, чтобы сделать эти тесты чем-то большим, чем дорогой новинкой?

Что нам предлагается

Многие услуги компаний по тестированию микробиома напоминают традиционные лабораторные тесты. Компания с пятилетней историей uBiome Inc. предлагает тест, который должен быть назначен врачом, и оценивает наличие 26 бактериальных мишеней, которые могут быть клинически эффективными, таких как Salmonella enterica и Clostridium difficile.

По словам Даниэля Алмонакида, вице-президента по биоинформатике в uBiome, эти мишени – вовсе не новинка.

«Когда люди слышат слово «микробиом», они считают, что это новый орган человеческого тела, который был только что обнаружен», — сказал он. «Патогены, обнаруживаемые в тесте uBiome, известны уже более 100 лет, и врачи точно знают, что назначать в каждом из этих состояний».

Тест компании, который сертифицирован Американским институтом патологии, не идентифицирует какие-либо бактерии без установленных связей с конкретными заболеваниями. UBiome сохранила свою клиническую репутацию благодаря определенным усилиям, таким как партнерство с Центрами по контролю и профилактике заболеваний, для проведения исследований инфекций, приобретенных в больницах в 2015 году.

Однако увеличение охвата компаний по персонализированному анализу микробиома было бы невозможно, если бы эта некогда неясная концепция не стала популярной благодаря традиционным научным СМИ и их склонным к преувеличениям коллегам в Интернете. По мере того, как люди осознают ключевую роль, которую играют их микробиом в здоровье и благополучии, увеличивается и желание активно контролировать бактерии.

Недавно запущенный стартап Thryve является одной из таких компаний, которая нацелена на удовлетворение потребностей этих клиентов. Thryve предлагает ежемесячную услугу подписки, при которой клиенты отправляют образцы фекалий на туалетной бумаге, а в ответ получают отчеты, суммирующие результаты секвенирования (секвенирование – генетический метод, использующийся, в частности, для изучения микробиома). (UBiome предлагает аналогичный тест Explorer™, позволяющий отслеживать микробиологию кишечника с течением времени). Удобный конечный продукт Thryve предоставляет некий «Балл здоровья кишеничка», а кроме общих рекомендаций по коррекции образа жизни, компания предлагает собственную линию пробиотиков.

По словам генерального директора и соучредителя Thryve Ричарда Лина, есть три типа клиентов, которые пользуются такими услугами: биохакеры, удовлетворяющие свое любопытство и редактирующие свои биомы по своему усмотрению; матери, ухаживающие за детьми с хроническими заболеваниями; и, наконец, пациенты с желудочно-кишечными заболеваниями.

Лин подчеркивает, что Thryve не стремится заменить медицинских работников ни в каком виде. Тем не менее, он отмечает, что некоторые клиенты обращаются к таким компаниям, чувствуя себя плохо обслуживаемым медицинским сообществом.

«С этими хроническими заболеваниями пациенты, по сути, отправляются домой врачами, которые говорят: «Вот, возьмите эту таблетку. Мы не знаем, что с вами не так, но это может помочь». И поэтому эти клиенты пытаются найти новые инструменты, чтобы узнать больше о том, что происходит в их организме, и о любых диетических или дополнительных вмешательствах, которые могут им помочь».

Сначала коммерция, потом — наука?

Как и мозг, с которым он часто сравнивается, микробиом сложен, что делает его неудобной целью для разработки эффективных вмешательств. По мнению экспертов, сейчас ещё не настало время понимания того,  что будет или не будет работать, когда дело доходит до влияния на микробиом, а тем более его улучшения.

«Привлекательно, что можно узнать о бактериях в своем кишечнике, но я обеспокоен тем, что эта тенденция носит спекулятивный характер, и не основана на доказательствах», — говорит Дэвид А. Джонсон, доктор медицины, профессор и руководитель отделения гастроэнтерологии в медицинской школе Восточной Вирджинии. «Я даю вам 100% гарантию, что, если вы возьмете один из этих отчетов и принесете врачу, он скажет, что не знает, как его интерпретировать. А если врач назначил этот тест сам, я держу пари, что у них есть диета или пробиотик, который они хотят продать вам сразу после получения результатов».

Джонсон считает, что проблема с этими тестами начинается ещё с самого образца.

«Решающее значение имеет стабилизация клинического образца (фекалий) сразу же после дефекации. Бактерии меняются по мере того, как кал проходит наружу и продолжают меняться после этого, поэтому то, что вышло, может не отражать того, что было в самом теле человека».

Джонсон говорит, что за пределами организованного клинического испытания, в котором методы сбора тщательно проверяются и повторяются, мы просто не можем полагаться на точность диагностики домашних наборов. Компании, которые продают их, ручаются за различные методы, с помощью которых фекальные образцы стабилизируются, но не существует способа учесть время между тем, когда образец «производится» и когда он отправляется в лабораторию.

Естественные колебания в микробиоме пациентов, которые могут возникать во время болезни, бессонницы или изменений диеты, представляют собой еще одну проблему. Именно поэтому многие компании запрашивают образцы ежемесячно или ежеквартально, чтобы обеспечить получение репрезентативной картины с течением времени.

Здесь возникает и вопрос об отсутствии достаточного количества научных данных, поддерживающих полезность пробиотиков как эффективного вмешательства при заболеваниях.

«Я не видел достаточного количества литературы, или, если честно, вообще не видел литературы, подтверждающей, что пробиотики – хороший способ лечения», — говорит Джозеф Петросино, директор Центра исследований метагеномики и микробиома Alkek в Медицинском институте Бейлора (Техас).

В чем критики согласны, так это в том, что эти тесты могут быть полезными для обнаружения основных, известных бактерий, как, например, с помощью теста SmartGut от uBiome. Однако все, что выходит за рамки диагностики, кажется им спекуляцией.

Проблемы коммерциализации

Общее мнение состоит в том, что вмешательство в микробиом будет развиваться в ближайшие годы, что влечет приток капитала. В этих условиях для компаний становится разумной бизнес-схема «открыть магазинчик», а затем ждать, пока наука усовершенствует свои предложения. В то же время исследование профиля микробиома пациентов для назначения пробиотиков и изменения образа жизни вряд ли окажется разрушительным.

«Уникальность микробиома заключается в том, что большинство потенциальных терапевтических вмешательств не навредит, а побочные эффекты минимальны», — говорит Петросино, который также является основателем и главным научным сотрудником Diversigen – бизнеса, консультирующего фармацевтические и другие компании по методам вмешательств в микробиом.

Компании считают, что они играют ключевую роль в повышении осведомленности общественности о микробиоме. uBiome собрал более ста тысяч микробных образцов — они говорят, что это является самой большой такой библиотекой в ​​мире. Логично полагать, что чем больше клиентов эти компании соблазнят своими услугами, тем более сильны станут их базы данных, что, в свою очередь, обогатит исследовательское сообщество. Считайте это такой «перевернутой» наукой.

«[Как и в случае с геномикой], это действительно интересное пространство, в котором на начальной фазе собирается достаточно большой набор данных, чтобы получить больше информации. Вероятно, в ближайшие 3-5 лет, путем объединения всех данных и высчитывания корреляций, мы сможем выяснить, как именно микробиом влияет на различные аспекты здоровья », — говорит Лин. «Мы считаем, что наша компания, по мере того, как мы будем расти, будет секвенировать не только человеческие микробиомы не только людей, и, надеюсь, мы сможем получить более подробную информацию об улучшении здоровья всего мира».

Этот оптимизм в целом характеризует данную область деятельности. Новости о микробиоме появляются так быстро, особенно по сравнению с другими областям медицины, что трудно поверить, что такой темп не сохранится.

«Я действительно думаю, что исследование  микробиома станет частью медицинской практики, как анализ крови во время ежегодного обследования, и я думаю, что это наступит в ближайшее время», — сказал Петросино. «Объединение академических исследований и коммерческих усилий — это то, что поможет продвинуть данную область вперед».

Доктор Джонсон, автор книги «Микробиом кишечника: новое понимание и лечение болезней», погружен в последние исследования в этой области. Он считает, что мы быстро приближаемся ко дню, когда врачи могут использовать микробиом кишечника для поиска признаков болезни и разработки соответствующих стратегий лечения.

«На данный момент все еще преждевременно говорить, что профиль микробиома человека можно использовать для определения стратегий лечения или улучшения здоровья. Это невероятно многообещающая область знаний, но это необходимо делать запланированными методами, где ведущую роль играет наука, а не коммерция».

 

Источник: Medscape

Перевод: Павел Несмиянов